以下の動画のコメントデータをプログラムで集計した結果、10ニコる以上のコメントについてバルハラコメントとするようです。

現在、後述するバグの関係で1分以内の動画では対象のニコる数に達しさえすればバルハラフラグが付く状態のようなので、この動画のコメントでバルハラフラグが付いているものは10以上、付いていないものは9以下ということが、「バルハラ入りが10ニコると推測できる根拠」になります。

190918追記:現行コメントにはバルハラフラグが付かないという仕様変更があったようで、現在の集計データは以下のようになっています。

バルハラに入る条件については変更なしと思います。
今回フラグが付かなくなったコメントも、いずれ寿命が尽きた場合はバルハラに保存されてフラグが付くことになると思われます。

191020追記: バルハラの保存件数などについて調べた記事 を書きました。

不明です。おそらくリーフ等と同様に「10ニコる以上のコメントのうち最新N件を保存する」という感じだと思われます。
このN件が何件かは不明です。バルハラ入りした後に消えたコメントはまだ確認してません。

先ほどの動画は1分以内で、本来100コメントだけ保存できる動画であるのに対して、現在バルハラフラグが付いているのは98コメントほどなので、「どの長さの動画も最低100コメント程度は保存される」とは思われます。

ちなみに次の動画では117件バルハラフラグが付いています。

（動画は現在無料視聴はできませんが、コメントやコメントの過去ログは見れるので調査は可能です。）

一番大きい問題として、コメントアートがうまく表示されない状態で残る危険性があります。

コメントアートは多くの場合で複数のコメントで構成されています。
しかし、「目立つパーツ」があったり、「見えないけど必要なパーツ」が存在したり、単純に30コメント近くあったりするため、満遍なくニコられて全てのパーツが残るという保証がありません。

旧ニコるでは一番上のパーツだけニコられるということがよくありました。
また、現ニコるになってからも部分部分で10ニコるだったり8ニコるだったりして、もしcaコマンドがなければバラバラな表示で残り続けただろうという事案も観察できます。
実際に先ほどのダンベル何キロ持てる？( https://www.nicovideo.jp/watch/1566189304 )のコメント番号20000付近の歌詞コメントアートのデータを一部抜粋するとこんな感じにバラバラです。

つまり、うまく表示されない状態（いわゆる残骸）で（おそらくほぼ永遠に）残り続ける危険性があるために、除外される機能が必要とされました。

ちなみに、patissierコマンドは元々リーフに残らないというコマンドです。
1分区切りで100コメントを追加で保存するというリーフが追加された頃（2011年ごろ）、分を跨いだ歌詞コメントアートなどが残骸状態で残るのを避ける、という同様の理由があり実装されました。

また、単純に主義として（過去ログなどでない現在のコメントとしては）コメントは長く残るべきでないという人も居ます。
（「長く残る」の程度には個人差があります。適度な時間で流れるような弱い効果ならニコるで残ってもよいと考える人も居るでしょう。）

これらやその他様々な理由で最終的にコマンドがある場合除外ということになりました。
何にしても画一的に処理されるのでなく、投稿する側が投稿先の状況や主義などに応じて選べるのはよいことだと思います。

caコマンドやpatissierコマンドを「コマンドNG」にすると、そのコマンドの「バルハラに残らない」効果を無効化できるようです。
（caをNGにしてもpatissierは無効化されない、その逆もまたなので、それぞれ適した方か両方をNGコマンドに入れる必要があります。）
よって、どうしても当該コメントを観察したい場合はコマンドNGに入れてしまえばよいです。

ただ、元々「patissierのリーフに残らない効果はNGでは無効化できない」というルールがあって、それと統一されてないので、個人的にはこれもおそらく不具合だと思います。

190918追記:現在コマンドNGの効果に対しての修正はないようです。
つまり、バルハラに残ったca/patissierコマンド付きのコメントを強制的に表示できます。
「コメントアートがたくさんニコられると見えなくなる」不具合は修正されたため、これに対して使う必要はなくなりました。

190918追記:訂正線は入っていませんが、この項目に関しては記事を書いた当時の内容のままです。
現在はのちの項目にあるような修正が入りました。

「caコマンドもしくはpatissierコマンドを付与したコメントはバルハラに残らない」という仕様は、「バルハラフラグが付いている」かつ「caコマンドもしくはpatissierコマンドが付いている」場合非表示になるという処理で実現されています。
ただ、本来の寿命が尽きていないのにバルハラフラグが付くことがあります。これにより多くニコられたca/patissierコマンド付きコメントが消える場合があるようです。

10以上ニコられたコメントの場合、バルハラフラグの有無は保存領域ごとに以下のようになっているようです。

（全体保存件数は、動画全体で何コメント保存する領域です。10分以上なら1000コメントという感じです。）
（リーフは、動画を1分に区切ってそれぞれに100コメント保存する領域です。）

なお、根拠は以下です。

• 全体保存内件数では本来の寿命が尽きていないのにバルハラフラグが付く
  • 全てが全体保存件数内である1分以内の動画で10ニコる以上のフラグがないコメントがないため
    • 具体的には https://www.nicovideo.jp/watch/sm35600334 のすべてのコメント
• リーフでは（適切に）バルハラフラグが消える
  • 投稿直後の過去ログで表示されないが、投稿後しばらくした過去ログでは表示されるcaコメントがあるため
    • 具体的には https://twitter.com/yammaboo/status/1168901301767483395 等
    • 見える状態は全体保存件数外（リーフ）であり、見えない状態だと全体保存件数内である

これにより、ca/patissierコマンドの付いたコメントが表示されるのは以下のような条件になることが推測されます。
〇は表示される、×は表示されないです。※が付いてる部分が不適切である場合です。

caコマンドのあるコメントの場合

patissierコマンドのあるコメントの場合

特にないです。修正された場合後で大変なことになるので、ca/patissierコマンドを（本来の効果で使いたい人は）そのまま使い続ける必要があります。
190918追記:修正されたので気兼ねなくca/patissierコマンドを使えるようになりました。

むしろニコられて残したい(ca/patissierコマンドを使いたくない)人の場合は特に不具合も何も関係ないです。

caコマンドのあるたくさんニコられたコメントの場合、投稿されてからしばらく経った時点の過去ログを見ると表示される可能性があります。
patissierコマンドのあるたくさんニコられたコメントの場合、おそらく表示されません。

190915追記:caコマンドやpatissierコマンドをコマンドNGにしておくと、たくさんニコられたca/patissierコマンド付きのコメントも表示されるようです。
ただし、本来の効果であるバルハラに残らない効果も無効化されるため、バルハラに保存されていたコメントアート同士で衝突してうまく表示されない可能性等はあります。
また、patissierの元々の「リーフに残らない効果」はそのままのようなので、過去ログの時間帯によっては見えない場合もあります。

なお、NGコマンドの設定はNG設定から直接設定する必要があります。右クリックからのNGはやめておきましょう。
（右クリックNGだとNGスコアが溜まるという別の理由でコメントが消える可能性があります。）

190918追記:修正されたので特に対策する必要はなくなりました。

誰もニコらなければ問題はないですが、それは本来の評価機能としては悲しいことなので、普通にニコるべきだと思います。

190918追記:修正されたので特に気にする必要はなくなりました。どんどんニコりましょう。